Y Cyngor
Cadeirydd: Dr Fiona Gannon (isod)
Bu'r Cyngor gynt yn cyfarfod unwaith y flwyddyn i drafod gweithgarwch yr Undeb, a hynny dros bedair awr ar hugain, rhywdro ym mis Mawrth. Erbyn hyn, mae'n cyfarfod ddwywaith y flwyddyn, ym mis Mawrth a mis Hydref. Penderfynwyd gwneud hyn er mwyn sicrhau ei fod yn gwneud ei waith yn effeithiol. 
Aelodau'r Cyngor yw tri chynrychiolydd o bob Cyfundeb, ynghyd â swyddogion yr Undeb, swyddogion y chwe Adran (Cenhadaeth a'r Eglwys Fyd-Eang; Cyllid; Teulu; Addysg a Chyfathrebu; Dinasyddiaeth Gristnogol; Eglwysi a'u Gweinidogaeth) a rhai wedi’u hethol gan y Gynhadledd. Mae pob aelod yn perthyn i ddwy o Adrannau’r Cyngor.

Cyfarfod o'r Cyngor yng Nghanolfan Gregynog, Powys 2011.

